影响干细胞移植治疗脊髓损伤疗效的最关键因素是患者脊髓原有和继发损伤的程度。不完全性脊髓损伤患者经过干细胞移植后，原有肌肉力量、关节僵硬程序、感觉范围、尿便自控力、少数患者性功能等方面会有明显的改善;但不完全性脊髓损伤也有轻度、中度和重度之分;脊髓背、腹侧受伤之分;脊髓运动和感觉诱发电位表现;四肢肌肉和关节残留功能状态。接受干细胞移植治疗时间的早晚、次数和移植后的辅助治疗等因素密切关系。如果是完全性损伤，且接受移植治疗时间超过3年，则治疗效果很有限，最常见的改善是感觉障碍范围缩小，肌张力降低和轻度肌力提高。